GKJ Kotagede terletak kampung Depokan RT 07 RW 02 Kelurahan Prengggan, Kecamatan Kotagede, Yogyakarta. Berada pada posisi lingkungan yang strategis daerah wisata, karena di sebelah utara gedung gereja kurang lebih 1 KM terdapat tempat wisata Kebun Binatang Gembiraloka dan di sebelah selatan kurang lebih 1 KM dapat dijumpai pusat kerajinan perak, yang menyajikan bermacam-macam jenis cinderamata yang terbuat dari logam mulia (perak dan emas), selain kerajinan perak ditempat ini juga terdapat pasar yang menjual barang-barang antik, jajanan/makanan untuk oleh-oleh berupa makanan khas Kotagede seperti : Yangko, Kipo, Sagon dan lain sebagainya
Di sebelah selatan pasar Kotagede terdapat Situs Purbakala yang berupa Makam Panembahan Senopati dan Ki Ageng pemanahan (orang tua Panembahan Senopati) di bagian selatan makam terdapat bangunan berupa Situs Budaya Selirang, tempat mandi putra dan putri Panembahan Senopati. Di sebelah tenggara Makam tepatnya di kampung Ndalem ada sebuah makam trah Mataram, dan di sebelah timurnya terdapat Batu Cantheng (Watu Gatheng) yang konon dipakai sebagai mainan pangeran Ronggo, yaitu putra Panembahan Senopati. Panembahan Senopati juga meninggalkan petilasan sejarah yang berupa bangunan Masjid Agung Mataram yang terletak di Kotagede. Berikut ini Lini masa GKJ Kotagede :
Tempat peribadatan pertama dalam bentuk pepanthan yang dirintis oleh GKJ Gondokusuman berada di Ketandan, Desa Banguntapan, Bantul.
Pepanthan Ketandan terpaksa ditutup karena terjadinya perang kemerdekaan
GKJ Mergangsan membuka pepanthan Kotagede.Kebaktian pembukaan pepanthan dilayani oleh Pdt. Sangijo Dwijoasmoro, bertempat dirumah keluarga Warsid Praptodarmodjo, sebuah rumah yang disewa dari keluarga Atmosandjojo di kampung Tinalan, Prenggan Kotagede (di sebelah Timur SMP 9 Yogyakarta sekarang). Kebaktian di rumah keluarga Atmosandjojo hanya berlangsung kurang lebih 4 tahun yaitu sampai dengan tahun 1956, karena rumah tersebut ditempati sendiri
Majelis GKJ Mergangsang berhasil membeli tanah untuk pepanthan Kotagede. Tanah tersebut dibeli dari keluarga Mujiyo dan Pawirodikromo penduduk Rejowinangun, dengan luas kurang lebih 1200 m2, terletak di kampung Depokan. (Tanah Gereja GKJ sekarang) di tanah itulah kemudian Gereja GKJ Kotagede dibangun
Pembangunan diawali pada tanggal 31 Oktober 1956 dengan kebaktian doa yang dipimpin oleh Bp. Pdt. Prawirohadmodjo. Gereja yang di bangun tersebut berukuran 8 x 16 m2, terdiri ruang ibadah 8 x 13 dan ruang Konsistori 8 x 3.m2., dikerjakan oleh Bapak Kerto Wiryomo, pengusaha kayu jati di Kotagede yang bukan orang Kristen dengan cara mengangsur
Sambil menunggu pembangunan gereja di Depokan,kebaktian dilakukan di rumah bapak Atmo Prayitno, di Basen, Kotagede. (di sebelah tenggara RS PKU Kotagede, sekarang
pemakaian Gedung gereja diresmikan. Pembangunan selesai dalam waktu 6 tahun
GKJ Kotagede adalah suatu lembaga keagamaan yang telah memiliki Badan Hukum berdasarkan SK Menteri Agama No. 19 Tahun 1966 tanggal 24 April 1966
Pepanthan Kotagede merupakan pepanthan dari GKJ Mergangsan yang didewasakan pada tanggal 14 Juni 1967 (dengan tahun sengkala; MULANG RASA WIWARANING ALLAH). Berdasarkan Surat Atestasi (Lulusan Pindah jemaat) dari GKJ Mergangsan Nomor 374D/VII/1967 tanggal 20 Agustus 1967 pada waktu didewasakan jumlah warga GKJ Kotagede adalah 312 jiwa ( dewasa laki-laki 91, wanita 96, anak laki-laki 62, wanita 63)
Selama belum mempunyai pendeta sendiri, pendeta konsulen yang ditugaskan oleh Klasis Yogyakarta untuk melayani di GKJ Kotagede adalah Pdt. Prawirohatmodjo, Pdt. Suharto dan Pdt. Madyosuwignjo
GKJ Kotagede mempunyai pendeta sendiri, dengan ditahbiskannya Pdt. Purwanta Rahmad, S.Th. dari GKJ Medari Sleman Yogyakarta, tepatnya 15 November 1972
Pada tanggal 19 Juni 1992, GKJ Kotagede mempunyai pendeta ke dua yaitu Pdt. Budi Rahardjo, S.Th. berasal dari GKJ Manisrenggo, Klaten. Ditahbiskan bersamaan dengan kebaktian HUT GKJ Kotagede ke XXV, 14 Juni 1992
Gedung Gereja di Rehabilitasi selesai tahun 2007 (karena rusak berat akibat gempa bumi 27 Mei 2006), dengan no. IMBB 2800/KG/2007/8167/01 tanggal 30 Oktober 2007
GKJ Kotagede merupakan gereja yang tergabung dalam klasis Yogyakarta Selatan. Gereja ini beralamatkan di Depokan RT.07/Rw.II Kelurahan Prenggan, Kecamatan Kotagede, Yogyakarta, dengan lima wilayah pelayanannya yang tersebar di lima (5) wilayah kecamatan yaitu a) Kecamatan Kotagede, b) Kecamatan Umbulharjo, c) Kecamatan Pleret.d) Kecamatan Banguntapan